知識產權是法律賦予人們對智力勞動成果所享有的民事權利。
通常開源軟件的知識產權表現在下列五個方面：
1.著作權(或版權)
2.專利權
3.商標權
4.商業秘密
5.反不正當競爭
(一)版權
自由/開源軟件是一種有版權的軟件，自由/開源軟件是一種得到許可的軟件。自由/開源軟件許可協議(或許可證)是其版權實施的延伸。
自由/開源軟件采用“左版”(CopyLeft)的概念，雖然其“版權”也應考慮到保護“作者對其作品享有權益”的作用，但由于自由開源運動的本質是發揚“自由、開放精神”，把重點放在擴大用戶的自由和權益方面，放在用戶在再傳播(或再發布)時得到擴大的許可授權方面，而不是把重點放在對作者特權的保護方面(如表現為不收版權費，任何人都可自由獲得、復制、修改、發布原創作品或升級產品的源代碼，淡化作者的特權，甚至“模糊”可執行的“版權”，總之由原作者放棄自己的一些知識產權的權利，向公眾公布許可等)。它不同于傳統“版權”(即“右版”，CopyRight)在“保護作者對作品享有法定特權”方面所表現的剛性化的特征。
自由/開源軟件的版權理論上屬于原創軟件作品的作者(writers、authors、developers)，以及升級軟件作品的后續修改者(貢獻者Contributors，志愿者Volunteers)，總稱為所有者(owners)。
軟件許可協議是一種契約和授權方式，是用戶合法使用軟件作品的一個憑證，相當于軟件作品的作者(或所有者，或權利人，或許可人)與用戶(或被許可人，或“你”)之間簽訂一個合同來規定雙方當事人在處理軟件作品時的權利、義務和責任。
多數人沒有注意到開源軟件許可的存在，這是因為它不同于傳統的書面簽字或上網點擊那樣“接受許可”的方式。開源軟件的許可協議是開放的，只要具有相應行為就可“默認”接受的許可；但如“被許可人”不遵守有關許可條件，許可隨時會被終止，“被許可人”持有開源軟件的權利將自動終止，并需承擔違約責任的風險。
BSD、GPL、LGPL、MPL是應用為普遍的四種典型的自由/開源軟件的許可協議(占自由/開源軟件全部許可協議的80%以上)。
BSD許可證
BSD是一種自由軟件，其許可協議為FreeBSD。FreeBSD的主要規定是：
公開BSD的源碼，可讓你自由獲得、復制、修改、分發BSD原創軟件作品(源碼)；也可在BSD公開的源碼基礎上衍生你的軟件作品。衍生的軟件作品(其源碼)可以公開，也可不公開。
在你進行修改或衍生時，必須對哪些是你所獲得的BSD原創軟件作品所實行的BSD許可證，哪些是你在其上進行的再開發，或生成你自己的許可證，要區分清楚。當你依法處理的作品再分發時，必須作出相應的版權聲明，列出相應條件，并表明BSD拒絕擔保的聲明。對于獲得的BSD原創軟件作品(源碼)的版權(所有權)要明確表示出來，如標明它是加州大學伯克利分校的(=regents of the University of California, =University of California, Berkeley)，即其版權屬于加州大學“董事”和“貢獻者”，或“所有者”(owner)，并標明BSD許可證發布時間(如=1998)，而且你要對使用BSD的原創軟件作品向版權所有者 (owner)表示感謝(這些標明都要讓你的用戶知道)。如果你把獲得的這些BSD原創軟件作品看成是你自己的“自主知識產權”，那無異于“剽竊”。至于你衍生的軟件作品，可以公開，也可以不公開(其實微軟也使用了很多BSD的原創作品，但微軟的衍生作品不公開)。
必須明確，BSD軟件版權所有者或貢獻者是以“AS IS”(即“保持原樣”)方式提供的。在你再開發的衍生作品中，未獲得預先特定許可時，不得用伯克利<組織>或貢獻者的名字來為你背書；原創作品版權所有者或貢獻者均不對你使用、修改、再傳播、再發行的BSD原創作品以及你的衍生作品提供任何直接或隱含的擔保，同時也不承擔相應的責任。
GPL許可
多數自由/開源軟件采用通用許可協議：GNU/GPL(GNU General Public License，簡稱GPL)，這是自由軟件基金會(Free Software Foundation，FSF)發布的一個軟件授權許可證。現有40000個版本/方案(Projects)采用GPLV2。Linus Tovalds將Linux在GUN/GPL下發布，自由軟件基金會將Linux作為GUN操作系統的內核。
GPL承認軟件作品作者的著作權(所有權)，同時也要求作者必須允許任何人(或用戶，或“你”)享有對其作品使用、復制、修改、衍生、發行的自由權利；作為一個限制條件，GPL還要求用戶不能改變軟件的授權協議(即要將GPL向各級用戶傳遞下去)，要求用戶在對該軟件作品作出的修改或制作衍生作品并進行再發行時，都要一貫遵守GPL規則；如果執行GPL協議的原創軟件是自由軟件，則該自由軟件經過修改或衍生后的軟件也應是自由軟件；自由軟件在作二進制整體運行時，不允許一部分軟件的源碼是開源的，另一部分的源碼是閉源的，即不允許出現混合源碼的現象。GPL協議還規定，不得使用其它許可證進行再發布。
GPL協議是一個開放的協議，是在原創軟件作品上實施“使用、復制、修改、衍生、發行”等相應行為時出現的“默認接受”的許可。“默認許可”是執行GPL協議的一大特點，不同于常規簽署協議許可的做法。
如果有人對自由/開源軟件進行修改、衍生、再發行時使之閉源，從而改變了自由軟件的性質和形態，那就違反了GPL協議。有人認為：“在開源領域違反GPL協議的行為就相當于在傳統版權中的‘盜版’性質，同樣可稱為侵犯知識產權，要予以打擊”；也有人認為：“如果違反了GPL協議，GPL協議在其再發行、再傳播過程中就自動終止，這時如果還要按‘GPL規則’繼續自由索取原創軟件源碼，而在進行衍生閉源后再發行，將遭致法律風險”。
GPL許可協議是由自由軟件基金會制定的。執行GPL規則的軟件作品其版權理論上屬于該軟件作品的“作者”或“開發者”，以及“修改者”或“貢獻者”，他們可統稱為版權“所有者”。
GPL雖然認承作者對其軟件作品的所有權，但由于自由/開源軟件是由全球志愿者集體開發的成果，開源社區的組織也較為自由松散，因此其版權或著作權的所有者似乎不可能明確認定為某些個人或某個社區。有人認為：對“自由/開源軟件作品來說，迄今尚未被全球軟件組織或軟件工作者公認是擁有一種可執行的版權”。對linux內核(Kernel)，版權所有者們委托Linus Tovalds作為版權所有者的代表。幾天前，OSDL首席執行官Stuart Cohen告訴我，Linus代表內核全體所有者持有的版權是“右版(CopyRight)”，我對此懷疑，似應為“左版(CopyLeft)”。
國內個別企業，根據GPL規則將自由獲得的開源軟件，在進行修改、衍生后，在再發行自己的版本時，將之變成違反GPL規則的閉源軟件，這不但可看成具有負面影響的道德問題，還可能將面臨侵犯知識產權遭受法律追訴的風險。
Ubuntu(社區)的Linux發布版是移植、剪裁Debian(社區)的軟件資源進行再開發、再發布的成果。今年3月，Ubuntu的創始人Mark Shuttleworth對我說，Ubuntu在向社會、市場提供Linux發布版時，要取得Debian的“授權”(并向Debian支付相應費用)。我想這個“授權”不是“版權”的“授權”，是Ubuntu為了要不斷取得Debian的軟件資源、糾錯升級、設計思想、技術訣竅、運作經驗等方面的“支持”而采取的相應措施。
RedHat公司也認為，如果有人對RH發布版進行修改而不遵守GPL規則，則對修改后的軟件，RedHat概不負責，不提供支持、服務，包括不提供補丁、升級及其他服務事項。但RedHat對自己的發布版則保證提供及時完善的支持和服務。
LGPL
LGPL，早期稱之為“庫級-GPL”(Lib-GPL)，后來稱之為“輕型-GPL”(Light-GPL)或“寬松-GPL”(Lesser-GPL)，它不同于GPL許可證，在執行LGPL許可證時，允許庫函數可以自由地聯接到私有軟件。
MPL
MPL的版權理論上也屬于其原創軟件作品的原始開發者與后續修改者、貢獻者，通常由Mozilla.org(屬Mozilla開源社區)代管。MPL包含四個不同的許可證，在使用中要注意協調好許可證之間的沖突。
(二)專利權
自由/開源軟件在版權(包括許可協議)保護方面取得了較為寬松的環境，但自由/開源軟件躲不開專利的旋渦。侵犯專利權，不但要追溯開源軟件“發行者”的法律責任，還要追溯“使用者”(用戶)的法律責任。
眾所周知，2005年歐盟沒有通過軟件(整個軟件)的專利法案，美國是支持軟件專利強有力的國家，不能低估美國做法對國際的影響。
對自由/開源軟件來說，很多軟件程序是由全球志愿者集體編寫、合作開發的，其中難免攜帶“隱性專利”。
自由軟件基金會首席律師Eben Moglen(也是我們中國開源軟件推進聯盟智囊團顧問)領導制定了GPL3.0，企圖改變“GPL許可證只能解決版權問題，不能解決專利問題”的現狀。GPL3.0解決專利問題的重要思路是：沉淀在互聯網上絕大多數知識產權是屬于開源的，在當代，很少有組織和個人不上網。如果持有隱性專利的組織或個人要狀告開源軟件發行者專利侵權，那后者也有可能反告前者在互聯網上對“開源”的侵權，從而達到權利公平、法律平衡的制約效果。
(三)商標權
在美國有一個非盈利組織“Linux Mark Institute(LMI)”得到Linus Torvalds授權專門保護“Linux”商標的合法使用，年度授權許可費200-5000美元不等。在中國只有在國家商標局一旦批準“Linux”(文字商標)歸屬Linus Torvalds后，美國LMI才可指派中國境內律師機構來辦理此事。
有人曾向美國專利商標局申請把“Open Source”作為商標，但未被批準。
(四)商業秘密
我們認為，自由/開源軟件的全部技術是由：以開放源代碼所表征的公開的技術，與不公開的工程化實現技術兩部分組成。
所謂自由/開源軟件的工程化實現技術表現為技術訣竅、熟練技巧、工程經驗、隱性技術、測試分析，它著重于改善操作穩定性、優化計算效率、增強靈活擴展性、提高產品質量、催化產品成熟度。
在工程化實現技術中自然包含商業秘密。
(五)反不正當競爭
自由/開源軟件在起步發展過程中，正在走向成熟、走上規模，現在還談不上行業壟斷問題，因此基本上也還不存在“不正當競爭”問題，反不正當競爭還有待時日。