本文以Autodock4.0的安裝為例：

　　（1）下載軟件包ADT和Autodock4

　　ADT的下載地址：http://mgltools.scripps.edu/downloads

　　我下載的是：MGLTools-1.5.0-Linux-x86-Install

　　Autodock 4的下載地址：http://autodock.scripps.edu/downloads/autodock-registration

　　（2）先安裝MGLTools

　　直接雙擊MGLTools-1.5.0-Linux-x86-Install 文件就開始安裝，安裝中會出現(xiàn)安裝界面，一步一步往下做，很方便的，安裝完后會出現(xiàn)AutoDockTools的界面. 并且在桌面會出現(xiàn)快捷方式。

　　然后將你的安裝路徑：/home/username/MGLTools-1.5.0/share/bin 添加到 .bashrc 文件中去

　　export PATH=export PATH="/home/yangcao/MGLTools-1.5.0/bin:"$PATH

　　在執(zhí)行 source .bsharc 就OK了。

　　然后打開終端，輸入 adt 并回車，就出現(xiàn)了AutoDockTools的界面。

　　注意：你把安裝好了出現(xiàn)的界面關(guān)掉后，然后再次出雙擊左面快捷圖標(biāo)，是否會發(fā)現(xiàn)不了圖形界面了，或者在終端輸入adt也沒有界面出現(xiàn)，并出現(xiàn)一大堆錯誤，不要慌，你只需在終端執(zhí)行下面的語句就OK了。

　　chcon -t textrel_shlib_t /home/username/MGLTools-1.5.0/lib/python2.5/site-packages/PIL/_imaging.so

　　（3）Autodock的安裝

　　將下載到的文件解壓，得到i86Linux2文件夾，里面含有autogrid4和autodock4文件

　　只需把它們添加到/usr/bin中去就可以了

　　cp /home/download/i86Linux2/autogrid4 /usr/bin/autogrid4

　　cp /home/download/i86Linux2/autodock4 /usr/bin/autodock4

　　這樣你就可以在終端運(yùn)行了。當(dāng)然不添加到/usr/bin中去也可以用，只是在終端用起來每次都要進(jìn)入到該目錄中去。